西南宗族包括四川、贵州、云南的宗族。李良品、李思睿《明清时期西南民族地区宗族组织结构特点与作用》指出，明清时期西南民族地区乡村社会宗族组织的结构包括宗祠、族谱、族训族规、族长及族田。宗族组织具有族内的等级性、族长的权威性、执法的宗法性、族田的福利性等特点。由于明清中央王朝在意识形态上对宗族组织提供支持，这无形之中鼓励了宗族组织的快速发展，故使宗族组织成为明清时期西南民族地区乡村社会重要的组成部分。

四川宗族研究。龚义龙《族群融合与社会整合:清代重庆移民家族研究》,考察了移民的社会融入、移民家族的成长与变迁、分家析居、移民家族分化与冲突、移民家族整合等方面。龚义龙《分裂、人口迁移与资源挤压:清代巴蜀移民家族分家的影响与后果探析》指出，随着家族人口增多，周期性的分家成为家族分裂的起点。对分家后的“二次创业”进行分析，可见中国解决人口压力的方式既有向心式的、内敛式的提高劳动生产率，也有外延式的不断膨胀、扩大的人口向外迁移及对资源的外延式拓展。陈兴贵《一个西南汉族宗族的历史民族志研究》探讨重庆永川区松溉镇罗氏家族，论述了其六百余年的发展历史。任利荣、贺皓亮《明清川东忠孝诗书传家之李氏家族初探》认为，明初李氏家族之祖自湖北麻城入川，定居长寿，世代皆以忠孝著称。叶自明《四川清代族谱编修和字辈问题研究》通过大量族谱分析了宗族制定字辈的重要性和方法、变化、形式及使用等问题。《明清四川军户的发展与宗族建构——以冕宁胡家堡胡氏为个案》探讨了军户宗族问题。

贵州宗族研究集中在清水江流域宗族。凯里学院与天柱县政府曾举办过宗族研讨会。李斌探讨了彭氏、龙氏的宗族建构问题，他的《明清以降清水江流域土司宗族的建构历程——以锦屏亮司龙氏宗族为中心的研究》中指出，明清以降清水江流域的土司宗族经历了一个长期的建构过程，龙氏家族在迁移与定居亮司的过程中，通过祠堂修建、族谱编修逐渐开始其宗族化运动。清水江流域少数民族地区宗族组织的发展，主要基于地方宗族自身的努力。李斌《清代以降西南少数民族地区士绅宗族的建构历程——以贵州清水江下游地坌彭氏宗族为个案的研究》认为，清水江下游地坌留存的清代碑刻和多次编修的彭氏族谱，反映了清水江流域宗族建构的类型，也显示了西南少数民族地区宗族组织的建构历程。李氏还在《清代清水江流域土司宗族的兴学活动与社会变迁——以锦屏亮司龙氏土司为中心》中指出，清代以来，随着亮司龙氏土司族学教育的兴办，培养了一批知识精英，推动了亮江地区向学风气的形成。此外，李良品、谢鑫、陈迎春《论贵州锦屏县亮寨龙氏土司家族的社会变迁》强调，国家行政力量保障、多元文化主导、宗族组织引导共同推动了亮寨龙氏土司家族的社会变迁。

王凤梅、林芊则研究了锦屏县、天柱县宗族。王凤梅《清水江流域宗族在婚姻关系中的作用考察——以天柱县婚书为例》检阅清水江婚姻文书发现，宗族在契约订立中影响深远，主要体现在宗族影响文书的表达程式贯穿主婚权、中人及在场人选择诸多方面。林芊、王凤梅《“三家”“三老家”:文斗苗寨宗族的生成与扩展——对“清水江文书”相关契约的考察》指出，锦屏县文斗寨是清水江中游一个声名远播的苗族村寨，其中冉皆腊姜氏家族中的“三老家”更是声望卓著。冉皆腊的姜氏家族肇始于康熙乾隆时期，成型于嘉庆道光间直至民国时期;“三老家”是由姜氏宗族内三个特定家庭成员各派一代表的组合，担负着代表宗族对族产——山林的经营与管理，又因构成人员的双重身份，实际上是一个游离于宗族之外的特殊宗族组织。王凤梅、林芊《清水江文书中的宗族史信息考察——以锦屏县文斗寨姜氏宗族为个案》认为，“清水江文书”是了解宗族史的重要资料库，梳理出众多宗族信息不仅有益于对“文斗寨”林业生产尤其是所涉及的林地所有权(股)形式的理解，亦可对现有“文斗寨”宗族研究中不太清晰的知识予以补充。如文书进一步明晰了乾隆时代以来“文斗”姜氏宗族的分布，可以补充过去史料不足、未能充分说明的历史细节，为我们展示出一个宗族诞生的原生过程，缺乏持续的姜氏宗祠与同是清水江流域的其他村寨凡村皆有宗庙的社会生活形成巨大反差。

还有学者探讨了清水江流域的宗族祠堂与族谱。林小凡《族谱修纂与身份重构——以清代清水江下游远口吴氏族谱为例》以远口吴氏族谱为研究对象，通过分析吴氏族谱的编纂过程及其内容，探讨清代清水江下游区域修谱活动的特点及其所具有的文化意义。认为族谱的编纂具有极大的灵活性，族谱作为一种文化手段，是地方社会不同人群实现身份重构的一种重要策略。姜明《谁可入传——清水江下游地区族谱中宗族记忆与书写权力》通过对清代以来清水江下游地区族谱中传记类别及其内容的梳理和分析，考察这一地区以宗族为单位的民众群体在构建祖先传说、讲述先贤故事的过程中，体现出来的社会建构的基本过程和社会变迁的方式与途径。王勤美、张应强《文本书写与行动策略——以贵州苗人土司家谱〈龙氏迪光录〉为中心的探讨》提出，苗人群体在不同历史时期的国家体制和政策中进行了调试，创造性地采用家谱的表述和制式，以族谱文类的书写作为发声工具和行动策略，巧妙地实现了“苗”“汉”身份的弹性转变，创造出彰显主体性的历史文化和族群身份，以此因应本族群体的政治文化诉求。王勤美《祠堂礼制与人群阶序:清水江下游的乡村社会》以清水江流域的祠堂修建活动为切入点，讨论不同身份的人群如何在特定的社会历史情境中，通过家谱世系的追述、英雄祖先的重构、祠堂修建等活动，将与“军户”祖先身份相关的入住权，以及象征正统身份的旗伞、高爵牌等文化再创造作为人群区分和认同的标志，进以掌握地方政治文化资源。作者以社会空间的整体视野，通过对清水江流域典型村落新化地方社会的结构化进程以及社会形态的研究，以期拓宽西南区域社会研究的路径。

此外，吴俊、杨秋萍《明清时期黔西南地区的攀附、正统性与社会建构分析——以贵州鲁屯李氏家族为个案》指出，自明初调北征南和清代改土归流以后，大量外来客民涌入黔西南。他们的到来引发了和当地土著的冲突与竞争。当王朝国家势力进入后，无论是当地土著还是外来客民都选择了顺从王朝国家的发展，以“攀附”这一特殊的策略建构着他们的应对方式。“攀附、正统与社会建构”的这一过程反映了清代黔西南地方历史的发展。“鲁屯李氏”反映了这一历史过程所揭示的社会文化内涵。飞山神杨再思是湘黔界邻地域社会兼具祖先与神明身份的区域性神祇，罗兆均《宗族的意识与行动:建构“英雄神祖”的地方性策略——基于湘黔界邻地区飞山神杨再思的研究》指出，该区域相当数量的杨氏人群以其后裔自居并不断壮大宗族势力，清乾隆以来不断建构杨再思的“英雄神祖”形象。早期体现为族谱书写下的历史化、官方化、名门化，而当下则侧重于杨再思的历史追溯。许娅《明代贵州家族进士生平及著述丛考》对贵州10位家族进士的生平和著述进行考证，探讨他们的成就及社会影响。

有关云南宗族的研究，请参看最新发表的雷继凯《明代云南沐氏家族研究综述》一文。殷亚林、朱红华、章辉《明清宁州张氏家族考述》指出，明代临安府宁州张氏是众多迁徙云南的家族中比较成功的典范，其科举、仕宦业绩尤为显著，而且多位家族成员德才兼修、吟咏不掇，积淀了深厚的家族文化传统。这一优良家风一直延续到清代中期，前后历经数百年、十数代人，这也使得张氏发展成为滇中望族，成为云南文化家族的代表。